En 2009, la IFFHS presentó un estudio denominado "El Club del Siglo de América del Sur", que determinó los mejores equipos sudamericanos entre 1901 y 2000, basándose exclusivamente en los resultados de competiciones continentales de clubes. Siguiendo los mismos criterios, continué este ranking ponderando los resultados posteriores al período abarcado por el estudio original, incluyendo las competiciones internacionales de clubes del actual milenio, con el objetivo de identificar a los mejores equipos de Sudamérica de toda la historia.

Se ponderaron los resultados de las competiciones internacionales desde la fase de cuartos de final o su equivalente, a excepción de la Copa Merconorte, de la cual se ponderaron los resultados a partir de las semifinales

A continuación, las competiciones evaluadas y el sistema de puntuación del ranking:

Copa Libertadores (1960-2000):

- 8 puntos por victoria
- 4 puntos por empate
- 0 puntos por derrota
- [En la fase de grupo/Segunda Fase directamente anterior a las semifinales (1962-1970) se han reducido a la mitad el número de puntos obtenidos (8-4-0) en todos los equipos implicados.]

Supercopa (1988-1997), Recopa Sudamericana (1988-1997) y Copa Sudamericana (2002-Actualidad):
- 6 puntos por victoria
- 4 puntos por empate
- 0 puntos por derrota

Copa Mercosur (1998-2000) y Merconorte (1998-2000):
- 5 puntos por victoria
- 2,5 puntos por empate
- 0 puntos por derrota

Copa Ricardo Aldao (1916-1947), Copa del Atlántico (1956), Supercopa (1968-1969), Recopa Sudamericana (1970-1971), Copa Master de Supercopa (1992-1995), Copa de Oro (1993-1995), Copa Master de Conmenol (1996) y Copa Conmebol (1992-1999):
- 4 puntos por victoria
- 2 puntos por empate
- 0 puntos por derrota

Copa de Campeones (1948):
- 6,5 puntos por victoria
- 3,25 puntos por empate
- 0 puntos por derrota

A continuación, los 50 mejores clubes sudamericanos de la historia:

1. Boca Juniors (Argentina): 686 Puntos
2. River Plate (Argentina): 682.25 Puntos
3. Peñarol (Uruguay): 571 Puntos
4. Independiente (Argentina): 513 Puntos
5. São Paulo (Brasil): 462 Puntos
6. Nacional (Uruguay): 442 Puntos
7. Olimpia (Paraguay): 400 Puntos
8. Palmeiras (Brasil): 385 Puntos
9. Flamengo (Brasil): 371.5 Puntos
10. Cruzeiro (Brasil): 351.5 Puntos
11. Grêmio (Brasil): 311.5 Puntos
12. Santos (Brasil): 294 Puntos
13. Atlético Nacional (Colombia): 272.5 Puntos
14. Estudiantes (Argentina): 269 Puntos
15. América de Cali (Colombia): 246 Puntos
16. Internacional (Brasil): 236 Puntos
17. San Lorenzo (Argentina): 214.5 Puntos
18. LDU Quito (Ecuador): 196 Puntos
19. Atlético Mineiro (Brasil): 191.5 Puntos
20. Vélez Sarsfield (Argentina): 180 Puntos
21. Racing Club (Argentina): 179 Puntos
22. Cerro Porteño (Paraguay): 174 Puntos
23. Colo-Colo (Chile): 167.5 Puntos
24. Corinthians (Brasil): 146 Puntos
Fluminense (Brasil): 146 Puntos
26. Athletico Paranaense (Brasil): 144 Puntos
27. Barcelona (Ecuador): 136 Puntos
28. Universidad Católica (Chile): 135 Puntos
29. Vasco Da Gama (Brasil): 129.5 Puntos
30. Lanús (Argentina): 120 Puntos
31. Universidad de Chile (Chile): 116 Puntos
32. Santa Fe (Colombia): 110 Puntos
33. Millonarios (Colombia): 109 Puntos
34. Deportivo Cali (Colombia): 99 Puntos
35. Libertad (Paraguay): 92 Puntos
36. Independiente Del Valle (Ecuador): 90 Puntos
37. Argentinos Juniors (Argentina): 87 Puntos
38. Rosario Central (Argentina): 85 Puntos
39. Cobreloa (Chile): 84 Puntos
Universitario (Perú): 84 Puntos
41. Bolívar (Bolivia): 78 Puntos
Junior (Colombia): 78 Puntos
43. Newell's Old Boys (Argentina): 76 Puntos
44. Emelec (Ecuador): 67.75 Puntos
45. Guaraní (Paraguay): 56 Puntos
Botafogo (Brasil): 56 Puntos
47. Defensa y Justicia (Argentina): 54 Puntos
48. Sporting Cristal (Perú): 50 Puntos
49. Unión Española (Chile): 48 Puntos
50. Defensor Sporting (Uruguay): 44 Puntos

Mejor club por país:

Argentina: Boca Juniors
Bolivia: Bolívar
Brasil: São Paulo
Chile: Colo-Colo
Colombia: Atlético Nacional
Ecuador: LDU Quito
Paraguay: Olimpia
Perú: Universitario
Uruguay: Peñarol
Venezuela: Caracas (Ubicado en el puesto 80 del ranking general)

Cantidad de clubes por país en el top 50:

Brasil: 13
Argentina: 12
Colombia: 6
Chile: 5
Paraguay: 4
Ecuador: 4
Uruguay: 3
Perú: 2
Bolivia: 1
Venezuela: 0

Se puede acceder al estudio original de la IFFHS desde el siguiente enlace: https://web.archive.org/web/2009092...e33b17f7370eff3702bb0a35bb6e36e52c00f23808f02